Helsingin satama on Suomen vilkkain matkustajasatama. Helsingistä on laivayhteydet Tukholmaan, Tallinnaan, Travemündeen ja Rostockiin. Vilkkaimpana kesäaikana lähtöjä Tallinnaan on päivässä 17.
Päivittäiset linjayhteydet Tukholmaan lähtevät Eteläsatamasta. Viroon päivittäiset yhteydet ovat Länsisatamasta ja Eteläsatamasta. Vuosaaren satamasta on päivittäinen linjayhteys Saksaan.
